Le LAGEP a été créé en Octobre 1987. Son directeur est alors Jacques Bordet. Dès janvier 1988, il devient laboratoire associé au CNRS. En janvier 1990, Joseph Lieto est nommé directeur de l’unité. En janvier 1996, le LAGEP devient unité propre de recherche et d’enseignement associé au CNRS (UPRES-A Q 5007). En 1999 il devient unité mixte de recherche CNRS (UMR 5007). En 2003, M Hatem Fessi prend la direction du laboratoire.

Depuis le 01 janvier 2016, Mme Stéphanie Briancon le succède à la direction du LAGEP.

La stratégie du LAGEP est structurée autour de trois grand pôles : un pôle de Physico-Chimistes, un pôle d’automatique et une pôle Génie des Procédés. Les équipes constituantes de ces pôles bénéficient du soutien de 4 services communs : le service Administratif et Financier, le service Ingénierie de Projets, le service Analyse et Instrumentation et le service Informatique.